המזכירות הפדגוגית אחראית על עיצוב המדיניות החינוכית פדגוגית של משרד החינוך.
במסגרת זו נכללים המרכיבים הבאים:

• קביעת תוכנית הלמידה של משרד החינוך
• קביעת תכני הלימוד, המיומנויות והערכים הנדרשים ללומד והצגת הישגים נדרשים
• פיתוח דרכי הלמידה המאפשרות את הקניית התוכן והמיומנויות הללו
• הגדרת תהליכי הערכה ומדידה לבדיקת התוצרים הנדרשים

כמו כן, אחראית המזכירות הפדגוגית על ביצועם של ניסויים פדגוגיים, תוכניות הלימודים ותוכניות השלמה וכן על אישור ספרי לימוד, חומרי לימוד ועזרי לימוד.
פעילות המזכירות מתפרסת על כל מגזרי האוכלוסייה בישראל ועל כל שכבות הגיל מגני הילדים ועד סוף י"ב.